单位设2室3科：办公室、科研质检室、综合管理科、防治管理科和回访复查科。

一、办公室工作职责：负责全所行政管理及其他日常工作，目标任务的分解，所内综合性文件的拟办；负责对外联系及各部门之间的协调；负责新建预防工程协议的签定，各类合同及档案的管理；负责全所药品及办公设备的招标采购及药物管理；负责白蚁纷飞期的宣传及群众咨询；负责白蚁知识展厅的解说及管理；负责印章的管理、公车的管理及其他后勤保障工作。

二、综合管理科工作职责：负责组织单位会计核算和财务管理工作；负责单位人事管理、编制调配、晋级调资、退养退休、年度考核、人员培训、固定资产以及各类资质证书年检等工作。

三、防治管理科工作职责：负责白蚁防治工程质量和安全生产管理；开展白蚁防治工程项目登记备案、方案设计、具体实施、验收资料的收集整理归档；开展白蚁防治技术咨询服务；负责对各区县白蚁预防工作业务指导；负责白蚁预防施工技术革新和新技术、新工艺的推广。

四、科研质检室工作职责：负责制定科研工作发展规划，承担各类科研项目和协作项目；负责落实白蚁防治工程的安全检查和监督；负责城市害虫防治技术咨询与推广应用；负责发放新建房屋白蚁预防实施证明；负责新药的试验、新技术的推广、新产品的开发与应用及职工技术培训教育等工作。

五、回访复查科工作职责：负责回访复查的管理工作，对查出白蚁危害项目实施灭治工作；做好回访复查单原始记录的整理归档，建立台帐；全面清理白蚁预防工程包治期15年合同期满的新建预防项目，定期进行公示；协助完成办公室的各项工作。